dr , es muy facil de entender.
si tu ya tienes el programa "X" , los scripts actuan como actualizador para el programa "X"
pero ..si no tienes el programa , pues con el mismo script lo puedes instalar.
el script puede instalar y mantener actualizado el paquete ...

fijate por ejemplo , si eliminas wireshark ... no van a aparecerte mas actualizaciones..por que si no lo tienes..no hay nada que actualizar , y si lo tienes entonces si ..por eso avisa de nueva version

lo de resolver las dependencias , instala las que yo le diga

, jajajaja , soy yo en el propio script el que "dicta" , las dependencias.....ojo , que lo digo en tono broma , no es que las ponga por mis cojoncillos ... es por que ya he verificado , que sin esas dependencias el paquete o no funciona , o funciona con menos opciones ... o directamente NO COMPILA , al configurar se para y te dice..oye, me falta esto ...

ademas de los que digo de que el script "MANTIENE AL DIA" , o ·INSTALA" , si no lo tienes aun , otra gran diferencia es que aqui no hay paquetes , todo se compila delante de ti .. ademas puedes verlos, editarlos, cambiar la config de los paquetes etc etc etc.
mucha mas libertad de acciones.