Na... olvídalo. Era una tontería...
Ya puedo ejecutarlos sin esos problemas.
Monté la tarjeta SD manualmente con la opción exec. Se ve que al montarla automáticamente, la monta con noexec.
De todas formas bootinst.sh debería detectar ese caso mirando en /proc/mounts y remontar la tarjeta con exec...
Y ahora el problema es otro... intuyo que un bug de bootinst.sh:
Cuando busca el dispositivo y la partición, hace lo siguiente:
Encuentra el dispositivo, por ejemplo, /dev/sdc
Y se queda con la partición, por ejemplo, /dev/sdc1
Sin embargo, en la tarjeta SD el dispositivo es /dev/mmcblk0
Y la partición es /dev/mmcblk0p1
Cuando intenta escribir en el mbr, lo hace al dispositivo /dev/mmcblk0p
que obviamente no existe.
Pero bueno. Creo que me estoy desviando un poco del hilo.
Gracias de todas formas