En que sistema operativo te pasa esto?
Parece que linux aún tiene algunas cosas que depurar con los USB 3.0, alguien comentó que si en la BIOS cambiabas la compatibilidad de los USB o algo así podías solucionarlo, aunque creo que perdías las ventajas del 3.0. Busca a ver si encuentras de lo que te estoy hablando. De todas formas creo que lo mejor es conectarlo en uno de los 2.0 y dejar el 3.0 para otras cosas