Sin poner qué es lo que quieres incorporar al AVI, es difícil darte consejo.
Si te basta con un stream de vídeo y un stream de audio para mí, lo mejor es el virtualdub con el plugin FFMpeg Input Plugin (FFInputDriver 2.0) para abrir esos formatos.
Si necesitas varios audios y subtítulos, la verdad no te sé decir... Aunque también hay plugins para eso en el virtualdub...
También puedes probar el Xmedia Recode, aunque no lo he usado y no te puedo decir.
Lo que comentas de "resultados fiables" no lo entiendo. Tampoco comentas si esos resultados "no fiables" los has obtenido con esas aplicaciones...