No llevo mucho tiempo con linux pero en fin, esto es lo que hago yo (prueba y ya nos cuentas).
Inicio ubuntu 7.04 como un usuario normal (sin privilegios de root), cuando necesito privilegios para hacer/instalar algo pues abro una consola y escribo: "sudo -s" y a continuacion pulso enter. Me pide la contraseña y enseguida soy root..
Ya te digo que no soy el mas indicado pero es lo que hago yo y creo que te puede solucionar.
Bueno ya nos cuentas