Hace poco estuve leyendo sobre esto. No debería influir, o eso creo.
Desde luego el caso opuesto de clientes SISO (tlf móviles) conectándose a AP MIMO sí que funciona sin problemas.
Lo que debería ocurrir es que el cliente 2x2 eligirá la antena que mejor señal tenga y se comporte como un sistema SISO.
Tengo un enlace punto a punto con dos puntos de acceso en modo WDS, ambos son 2x2, sin embargo solo usan una sola antena (en exterior de edificio), y funciona correctamente.
Lo que puede ocurrir es que tengas un pequeño lag sino transmite nada durante un tiempo y cuando empiezas a darle chicha el router ha de decidir como transmitir/recibir los datos. Pero esto depende más del hardware y drivers que lleve.
Siendo el cpe (2x2) un Ubiquiti, los cuales implementan muy bien la parte de wireless, creo que no deberías tener absolutamente ningún problema.