Se usan las dos antenas para emitir-recibir, creo recordar en mis inicios que don ddwrt se podia elegir que antena usar incluso si se queria una para TX y otra para RX, pero en tu caso tampoco tienen mucho sentido pues la comunicación con el router tiene que ser bidirecciónal, vamos que continuamente estas enviando y recibiendo datos del router, por lo que si le pusieras una antena direcional a la antena de TX el HG se quedaria sordo y no te conectaria.
Lo que si puede tener mas sentido si se pudiera elegir la antena para una estación y pones el modo cliente en la direccional y la otra para otra y pones el modo AP en la omni, pero creo que a tanto no llega.