ya te digo que de Ubuntu no te se decir, pero no me extrañaría que tenga una funcion similar a la de Windows que apaga los USB, Win 7 ya la lleva desactivada pero XP y Vista la llevaban activa por defecto y si no se desactivaba desconectaba el adaptador cuando le daba la gana sin entrar en reposo ni nada, solo los apagaba, incluso si el adaptador estaba descargando de Internet.
por ahí tenía un programa para Linux que evita estas cosas simulando un click del ratón cada x minutos, miro a ver si lo encuentro, pero no te lo aseguro, la verdad es que no se si lo conservo.
un saludo