Que macana eso. yo hace poco me meti en el mundo este, justamente porque me parecio piola no tener un CPU para hacer todas estas tareas, y el puerto usb lo uso para exroot y de container ftp (espero que no se me muera asi tambien)
Una consulta que se me ocurrio recien. no se si sabras algo de electronica, pero probaste ver si no tiene una Resistencia de 0 ohms cerca del puerto usb (que generalmente la usan como fusible) si la localizas intenta colgarle un tester y fijarte que no caiga mucho la tension 5Volts (cuando el pendrive esta en actividad) ...
Digo porque esa una falla comun esa sobre algunas pcs con los puertos delanteros cuando los cables son malos y hay actividad sobre el puerto cae la tension y eso genera un error sobre el dispositivo.
salu2.