Cuando haces un make clean, se elimina todo lo compilado sobre el kernel y los packages. No así con los binarios de la plataforma para la cual queremos compilar y las herramientas necesarias, esto permanece inalterable, hay más opciones sobre make para eliminarlo todo, pero no es necesario volver a compilar desde 0 ya que tarda un buen rato.
Para que se apliquen los parches sin necesidad de compilar el kernel y los packages de nuevo, con un make kernel_menuconfig se descomprime el kernel que tenemos descargado desde la carpeta openwrt/dl a la carpeta openwrt/build_dir/target-XXXX/linux-XXXX/linux-3.10.XX/, una vez descomprimido, se aplican los parches, y es aquí donde podemos ver cuales se aplican y cuales no.
Los que no se aplican o dan error, es cuestión de mirar a ver que es lo que cambian, a veces el cambio es sólo un include que no funciona o que los cambios del parche ya están incluidos en el kernel oficial (en caso de que quieras cambiar el kernel, claro)
un saludo.