Sip, sería mejor si leyera el archivo wifislax.cfg y sacara de ahí el nombre de los demás archivos, pero de todas formas si cambias de ruta el archivo wifislax.cfg (que ya lo cambiaste una vez cuando creaste la carpeta "menus") estaríamos en las mismas...
Pero vamos que no pasa nada, cuando haya algún cambio se le notifica al desarrollador de Yumi y ya está.
Se tiene que volver loco el pobre, siempre pendiente de si cambia algo en alguna de las 20mil distros que soporta Yumi

leyendo ese file o copiandolo tal cual ..no tendrian problemas.
Que va si la cosa es que tiene que modificar TODOS los archivos cfg, porque lo que hace el programa es meter cada distro en su carpeta con el nombre de la distro, para que no hagas conflictos unas con otras, y al no estar en la raiz del usb tiene que modificar todas las rutas de todos los archivos del menú, y las rutas de los parámetros del kernel.
KERNEL /multiboot/wifislax-4-11-1-final/boot/vmlinuz2
from=multiboot/wifislax-4-11-1-final
initrd=/multiboot/wifislax-4-11-1-final/boot/initrd.xz
changes=/multiboot/wifislax-4-11-1-final/wifislax/changes/changes.dat