Buenas a todos.
He resuelto el problema (mas o menos) guardando los módulos xzm en la carpeta "base" que se encuentra en /mnt/sde1/wifislax/base.
De esta manera las instalaciones se quedan permanentes, también probé a guardar los módulos en la carpeta Modules, como leí en algún sitio, pero no funcionó.
Ahora en el proceso de arranque se ve que cargan todos los módulos que están en la carpeta base, y todo funciona correctamente.
No sé, si esto le servirá a alguien, pero como he visto que tenía visitas, bueno.. por si acaso.
Lo que no entiendo es que ahora también me guarda la configuración del escritorio, y eso no tiene nada que ver con la carpeta "base". Si tiene que ver con la carpeta "changes" que nunca me funcionó y siempre estuvo creada, y por supuesto iniciaba con cambios persistentes.
Si alguien me aclara esto último, se lo agradecería.
Saludos a todos..