Que te parece formatear el pen y hacerlo todo desde 0?
Asi todo limpio, sin cosas que afecten.
Despues ejecutas bootinst.sh y listo.
NOTA:
Si tienes algo mas en el pen, puede que sea eso, no debes tener otra ISO o IMG dentro, porque entrará en conflicto.
Buenas:
Yo he isado unetbootin para todas las últimas series de Wifislax y no he tenido pega ninguna
Lo que hago es usar unetbootin, NO reiniciar, ir a bootinstal bat (ejecutarlo) y luego ya reiniciar.... así jamás he tenido "problemo" 
Saludos pegajosos (que caló)
Chimete
Si te das cuenta utilizas Unetbootin como programa para descomprimir, no como software para hacer el pen boteable con la distro. Si te das cuenta Unetbootin crea archivos de registro y demas; que pueden, seguramente que en algo, entre en conflicto o afecte al normal funcionamiento de la distro.
