Quizá llego un poco tarde, pero buscando buscando y rebuscando he encontrado la solución, y es mas facil de lo que parece.
Solo tienes que editar el archivo start-tor-browser y buscar donde ponga "if [ "`id -u`" -eq 0 ]; then" y substituir el 0 por 1, quedando así "if [ "`id -u`" -eq 1 ]; then"
O tambien puedes hacer esto otro:
#if [ "`id -u`" -eq 0 ]; then
#complain "The Tor Browser Bundle should not be run as root. Exiting."
#exit 1
#fi
O todavia más, puedes borrar la linea "exit 1"
Una vez hecho los cambios solo tienes que guardar el archivo y ya estará solucionado.