hi
lo de las particiones da igual si son primarias o lógicas, hay quien las hace lógicas por que las primarias están limitadas a cuatro por disco duro y las lógicas no, las lógicas son particiones para almacenar datos y no para instalar sistemas operativos, de todas formas al tener instalado un Windows ya dispones de una partición booteable y deberías poder instalar Wifislax en una logica.
mi recomendación es instalar los sistemas siempre en una partición primaria.
por otra parte dudo mucho que tu problema tenga nada que ver con las particiones, si estuviesen mal no llegarías a ver "cargar la lista de comandos", si yo fuese tu miraría de hacer caso a lo que te preguntaba chumpy ya que hace toda la pinta de ser un problema de entorno gráfico.
que dieras datos de tu maquina ayudaría.
saludos