El problema radica en el orden de arranque de los dispositivos, voy a ver si se me entiende.
tu coges y tienes un pc con un disco duro (por simplificar)
y coges el pendrive sdb1
arrancas la live, y haces todo el proceso, swap, ext4, bla bla bla.
bien le metes el grub, (en el pendrive) y reinicias, y obviamente te comes un colin.
el grub sobrescribe el mbr o el sector de arranque del hdd (0,0) QUE NO ES EL PEN es el disco duro (0,0) solo esta el windows (por ejemplo) luego no detecta sistema operativo aparte del windows, aparte de que el grub no detecta el pen como hdd por lo que tampoco vale de nada empezar a modificar el hdd (0,1) hdd (0,2) hdd (1,0), hdd (1,1) etc a saber las combinaciones que hice.
ese (0,0) se corresponde con un slot fisico de la placa base, en windows me pasa lo mismo, tengo 3 discos duros instalados, uno de 1 tb a 5200, uno de 160 gb a 10000 y un ssd de 500 mb, obviamente el sistema operativo lo tengo en el ssd, pero la particion system que me crea el windows me la crea exclusivamente en el del tera, porque, pues sencillo, porque esta pinchado en el primer slot sata de la placa base.
por cierto lo que me recuerda que he formateado hace nada y no me he acordado de cambiar el cable sata

bueno, no se si se me ha entendido, pero por si acaso un esquema sencillo de como funciona la bios en la secuencia de arranque.
primero el dispositivo que tengas selecionado, ejemplo:
floppy
cdrom
usb
hdd
other
secuencia:
floppy ----- existe ---- no -------------pues continuo
cd1 -------- existe----- si --------------tiene mbr ----- no ------- pos continuo
cd2 -------- existe----- si --------------tiene mbr ----- no ------- pos continuo
cd3 -------- existe----- no ------------ pos continuo
usb -------- existe----- no ------------ pos continuo
sda1 ------- existe----- si --------------tiene mbr ----- si ------- pos cargo lo que me diga el grub
cada dispositivo fisico tiene un slot en la placa base y la bios una secuencia programada de que orden seguir.
si tienes dos lectoras/grabadoras de cd puedes hacer la prueba metiendo dos livecd de wifislax, siempre te arrancara el mismo, la que detecte primero, en el caso del hdd lo mismo