Feliz noche...
Los links de aplicaciones como dices siempre crean un directorio en cualquier carpeta de temporales, incluso en windows para que una aplicacion pueda abrir la pagiona oficial desde la aplicacion, esta siempre crea un directorio en la carpeta %temp% y luego los abre.
Que quiero decir con esto, que una aplicacion cree un archivo en tu sistema y luego abra X buscador es normal, pues esa es la ruta a seguir en cualquier sistema, incluyendo debian.
Por ultimo, si quieres que los links se abran desde firefox crea en el escritorio un archivo HTML y cambia sus propiedades...
Me explico, en escritoria da click izquierdo en cualquier seccion del mismo y busca la opcion nuevo, en el busca la opcion archivo HTML y crealo con el nombre que quieras.
Una vez creado, seleccionas el archivo y le das click izquierdo y te vas a la seccion de propiedades
En propiedades del archivo htlm buscas "OPCIONES DE TIPO DE ARCHIVO"
En la seccion de "ORDEN DE PREFERENCIA DE APLICACIONES" puedes seleccionar el buscador que quieras colocandolo de primero (Con la opcion "SUBIR") y luego aplicar y aceptar.
Espero haber sido de ayuda.
Adonay3000