Vale, algo hemos avanzado.
Con un procesador antiguo como el de ese PC, si los procesos de fondo de Windows saturan el procesador, el reloj atrasa.
¿De qué cantidad de atraso estamos hablando?
También puede atrasar por un uso excesivo de NTP.
Eso no le pasa a Linux, ya lo has comprobado.
Va a ser que algo hay en el W7 que te está afectando. Llámese saturación o no, yo iría mirando algún malware o virus...
¿Te pasa a raíz de alguna instalación de software o la visita a alguna página?
Si tienes posibilidad lo formatearía...
Mira a ver si cuando en W7 el reloj se te atrasa, y reinicias, ¿la BIOS te marca la hora correcta o también se ha atrasado?
Cuando arrancas, ¿la CPU se te pone a 100% repetidamente?
Aunque si lo que dices de W7 y Linux es lo cierto, yo creo que hay un porcentaje muy alto de que el culpable sea Winslows.