Hola.
Y... hay bastantes diferencias.
Con Vmware lo que se hace es virtualizar wifiway. En pocas palabras, se crea una com****dora virtual dentro de tu com****dora, en la que corre wifiway, ya sea en livecd, liveusb o insalado como sistema operativo propio de esa maquina.
Como ventaja, tenés que podés usarlo estando en Windows por ejemplo, sin tener que salir, ni cerrar sesión, reiniciar, etc.
Otra ventaja es que permite comprobar que funciona la iso descargada sin tener que grabarla en un cd, o copiarla a un pendrive para hacer el liveusb. Se monta en la unidad de cd/dvd virtual de la máquina virtual.
También si lo instalás en la máquina virtual se pueden guardar cambios hechos, aunque esto es posible también si lo instalás en la máquina "real".
Como desventaja es que dependiendo de la RAM y el procesador de tu máquina, puede que wifiway no corra con la mismas prestaciones como lo haría usándolo como livecd, liveusb o instalado en el disco duro.
Otra desventaja es que sólo se pueden usar adaptadores wireless usb para correr wifiway virtualizado, no se puede usar ni pci, ni pci-e, ni cardubs en el caso de los portatiles, ninguna interfaz que no sea usb.
Por lo tanto, tampoco se puede hacer gpucracking (pasar diccionarios usando la GPU).
Otra desventaja es que la virtualizacion requiere que uses espacio del disco duro para instalar vmware y para crear la máquina virtual, aunque hoy en día los discos duros son tan grandes que no creo que eso represente demasiado problema. Además si lo instalaras en la máquina "real" también deberás gastar espacio en disco XD.
Saludos
