bueno , a ver ...en wifislax x64 modo live ...pasa lo mismo.
ahora mismo estoy en la live desde el hd , y no me pasa.
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en modo live , nos pasara eso SIEMPRE , por que la unidad esta montando tambien el *aufs , que es quien hace posible arrancar en modo live y que usa otro sistema de ficheros.
si en live , metemos cualquier otro pendrive en fat , no tendremos problemas.
en hd como aufs no se esta montando desde el pendrive, podremos hacer uso normal del mismo.
en modo live , ....siempre podemos usarlo , entrando desde /mnt ....
para entenderlo facil haced esto
arrancar en live ...y copiaros los ficheros
/etc/fstab
/etc/mtab
.....despues arrancad desde una instalada , vereis comparando los ficheros lo que os digo.