A ver, yo tengo una teoría sobre como funciona el sistema live:
Los módulos que están en la carpeta módules no se extraen, solo se montan en la raiz del sistema, y cada vez que modificamos un archivo, este se copia en /mnt/live/memory/changes, pero el archivo original sigue intacto comprimido en su módulo.
Entonces cuantos mas archivos se modifiquen en el sistema, mas espacio se ocupa en la ram, porque todo lo que está en /mnt/live/memory/changes está almacenado en la ram.
Por eso llega un momento en el que nos quedamos sin espacio.
Entonces cando usamos la opción "activar modulo", ocurre lo mismo, el módulo se monta en la raiz del sistema, y como está montado no se puede eliminar, así que no hay forma de ahorrar mas espacio.
Está bien como está.