Bueno.
Al final, no se si es que quité algo que no debía, el caso es que ayer por la mañana no me arrancaba el ordenador (no encontraba el boot del sistema).
Así que recurrí a un cd de recuperación y utilicé una imagen de seguridad del sistema que tenía guardada en un disco duro.
Conseguí repararlo e introducir casi todos los archivos y carpetas más recientes.
Como es lógico, empezó a hacer un montón de actualizaciones de windows, además de las manuales que hide yo de Flash Player, adobe reader y java.
De momento va bien, y lo que es mejor, me guarda los puntos de restauración.
Tambien hice un checking disk y sfc /scannow. Ninguno arrojó errores.
Un saludo.
Un saludo.