A mi me ocurrió algo parecido pero con ubuntu 12.10 y windows 7, el cual al instalar ubuntu se instalaba el grub y salia la pantalla negra de msdos cuando arrancaba windows pero ubuntu corria perfectamente, reparaba el bcd de windows, iniciaba perfectamente windows pero ubuntu, no, a continuacion reparaba el grub, no iniciaba windows, y no detectaba los parametros para windows, despues de tanto marear la pardiz, la unica solucion factible, fue reparar el bcd de windows, busca por internet reparar el bcd a traves del cd de instalacion de windows 7, y luego, dentro de windows, instale la utilizad bcdedit, el cual inserte una entrada grub para ubuntu, y de ahi, iniciaba ubuntu, asi, como digo, el que manda, y arranca primero es el bcd o mbr de windows, y luego si quieres iniciar linux, se iria a su entrada
Saludos
