Hola,
Muchas gracias a todos por responder, siento el retraso, hoy he ido a ver in situ la oficina para ver el equipo y para tener una idea más clara del asunto. Vamos por partes:
Esta mañana le he instalado Vmware y Windows 8.1, para que lo pruebe durante una semana y pueda decidir si le convence o no, según su respuesta decidiré si instalarle windows 7 u 8.
Sobre el tema que comenta @drvalium del SAI, ya tiene uno. Respecto a la unidad para copias de seguridad, por eso preguntaba si es mejor aprovechar la cpu antigua para montar un freenas o irme a por un NAS ya montado de fábrica, con bajo consumo y su firmware específico para esa tarea, que creo que es la mejor opción. Tambien le tengo algo de respeto a los SSD para copias de seguridad, aunque cada dia va mejorando la vida útil, sobre todo desde la implementación y mejora de la orden TRIM, pero no me arriesgo así que, HDD convencional.
@usuarionuevo, ya calza un monitor ips de 28 pulgadas

, casi naaa. Lo de la ram tambien lo habia pensado, en meterle 2x8, pero creo que con cualquiera de las dos va a ir bien.
La gráfica es una de las cosas que mas me preocupan y en la que mas estoy perdido, es una parte muy importante. Las que propongo son para gamers, que aunque no lo vaya a usar para ese fin, creo que pueden dar buen resultado. Lo ideal es meterle una específica para una estación de trabajo (como las quadro que comenta drvalium), pero ya empezamos a hablar de los $800 para arriba, el rendimiento tampoco se si va acorde con la diferencia de precio, y no dispongo de tanto presupuesto, podría llegar a los $2.200/$2.300 en total. Por mi experiencia prefiero elegir nvidia en vez de ati.
Otra duda es respecto al procesador-placa, ya que no se si merece la pena gastarse tanto en esto, y es mejor meterle una tarjeta de video mejor.
Lo que se, es que necesita una buen cacharro, ahora mismo no puede abrir ciertos archivos pesados, por ejemplo, cuando intenta abrir una capa de QGIS, después de intentar abrirlo durante 8 minutos le da error, directamente no puede con el. Solo hablamos de una capa, así que cuando intente trabajar con 6 u 8 capas es cuando va a necesitar chicha de la buena.
Pues eso, no se si alguien quiere proponer alguna otra gráfica, sin que se dispare mucho de precio, u otra configuración de micro-placa.
Saludos