He preguntado mal y igualmente me has resuelto el problema!!
Te explico lo que queria decir: al abrir wireshark directamente desde el menu de aplicaciones, al no hacerlo como usuario root (porque ubuntu no lo permite o yo no se hacerlo), no me aparecia ninguna interfaz para capturar. Por eso preguntaba como acceder como root en el entorno gráfico.
De todas formas llamandolo desde el shell va perfecto.
Muchas gracias!