La historia es que voy a acceder tanto por windows como por linux y android. Entonces tiene que ser legible por todos lados.
Otra duda: ¿Qué sistema uso para poder acceder a los archivos que contenga el disco duro? ¿ftp? ¿Qué otras opciones hay?. Lo ideal sería copiar y arrastrar como se haría en un disco duro normal, pero desconozco si esto es posible. ¿Cuál es la mejor y más eficiente opción?.
También lo que quería es compartir únicamente una carpeta dentro del disco duro y otra tenerla sólo para copias de seguridad donde sólo tenga acceso una única persona. ¿Es esto posible?
No veo todavía lo que quieres hacer.
¿Vas a utilizar la carpeta del disco duro en el router como si fuera un disco, para trabajar directamente sobre él, como si fuera un servidor de ficheros? No te lo aconsejo. La velocidad de transferencia va a ser muy baja.
Si lo vas a utilizar como almacenamiento de ficheros, tanto con SAMBA como con FTP te va a servir. Sólo necesitas un cliente de SAMBA/FTP en Linux, que lo hay, y otro cliente para Android. Pero eso es para transferir ficheros a/desde el router, y de forma puntual. No sirve para montar un servidor de ficheros y trabajar con AutoCAD en él, no sé si me explico.
Lo de que se pueda arrastrar/soltar, depende de la aplicación y el sistema que estés utilizando. En Linux puedes montar la unidad y utilizarla como si fuera una unidad más local. En Windows también. En Android no sé.
Si sólo necesitas acceso desde un punto a la vez, puedes montar una unidad iSCSI en Linux y Windows. Para Android no sé si eso se podrá hacer. Se montaría la unidad como si fuera un disco duro local, con lo que sólo podría escribir un cliente conectado, pero a su vez, ése cliente puede compartir esa unidad con otros...
Como protocolo para transferir, también puedes usar SCP. En Windows y Linux hay clientes. Para Android, no sé.
¿Para qué necesitas el acceso a los ficheros desde Android? ¿Para leer algún que otro PDF de vez en cuando? Porque trabajar con ficheros en Android... Si me describes con más detalle la necesidad, te podré precisar más...
También puedes acceder a los ficheros desde Android montando un servidor HTTP, pero ya te digo, si me describes la necesidad, te podré aconsejar mejor.
También te aconsejo que pongas un HUB USB y tengas el extroot en un pincho USB, y el disco duro lo dejes como almacenamiento en otra boca del HUB. Si alguna vez hay algún fallo, no perderás extroot y todos los paquetes instalados. Prueba si con el HUB pinchado el disco duro tiene alimentación suficiente, o te hará falta un hub alimentado o un disco duro con alimentación externa, pero es mucho más seguro.