Y los paquetes dependientes del kernel, los has cargado correctamente o forzando las dependencias ?
Si me preguntas a mí, los he cargado correctamente. Tengo todo el repositorio compilado.
Con respecto a los que tengan que forzar dependencias, pues seguramente no les funcione, a no ser que las versiones de kernel les coincidan con las del paquete que estén instalando.
De lo que no estoy seguro es de si cambiando el módulo de sitio una vez instalado forzando las dependencias, podría servir para que funcionara.
Los módulos dependientes del kernel se instalan en el directorio /lib/modules/<version kernel>/
Si forzamos la instalación de un módulo para el kernel 3.12.34, por ejemplo, en nuestro kernel 3.12.20, los nombres de los directorios no serán los mismos y seguramente el kernel no encuentre el paquete recién instalado y forzado.
Si copiáramos el módulo de un directorio a otro, haríamos que el kernel lo encontrara, pero las posibilidades de que funcione o no son aleatorias, dependiendo de si el módulo mantiene compatibilidad con las llamadas a funciones del kernel antiguo o no. Y por supuesto corriendo el riesgo de provocar un kernel panic...
En fin, que si no tienes todo el repositorio, como ya dije, es una lotería que funcionen las cosas...