Nunca he probado, pero el exroot esto muy seguro que no lo vas a poder mantener. Pues precisamente es la base lo que estas actualizando. Te quedaría BB en extroot y CC en el router instalado, dará problemas con el kernel. En cuanto a las configuraciones siempre puedes hacer un backup y restaurarlo. Con las aplicaciones mas de lo mismo, todas que dependan del kernel te dará error.
Yo haría un backup (desde luci), y otro de los archivos del HDD que quieres conservar. Formatearía el HDD, instalar CC al router, extroot y restaurar backups.
