Pues si lo van a hacer con USB 3.0, más vale que resuelvan los problemas de estabilidad que tiene. Yo tengo USB 3.0 en mi Sitecom x8 y lo tengo de adorno. Parece que funciona, pero al intentar comunicar datos, el puerto se desconecta totalmente. No sé si es problema de las interferencias con la wifi 5Ghz o que el driver no tiene estabilidad, pero bueno, ahí lo dejo...
Personalmente lo que más me gusta son las cabeceras SPI/I2C/GPIO, aunque sale más barata una raspberry para eso...
Los puertos mPCIe me parecen lo más atrayente, por velocidad, pero con USB se pueden incorporar bastantes funcionalidades.