Hola
No se si te e entendido bien.
Pero creó que te refieres a que te salga el menú de inició al lanzar la live desde USB con los cambios persistentes.
En principio cuando creas el archivo changes este lo hace " recordando " el kernel con que lo realizaste y por tanto siempre arranca con el. Es como cuando lo instalas en hd , la opción que eliges , es la que se instala .
Saludos