Bien, lo voy a poner por aqui, por si alguien mas le ocurre o le ha ocurrido alguna vez.
Firefox guarda una copia de los marcadores cada dia, pero conserva solamente las copias de los ultimos 4 dias. Estas copias las podeis localizar en
C:\Documents and Settings\Administrador\Datos de programa\Mozilla\Firefox\Profiles\
Encontrareis una carpeta con un nombre compuesto de numeros y letras, y luego llegareis a mas ficheros, con una carptea, esa sera la de los backups.
En document and settings, os teneis que meter en vuestra carpeta que tenga el nombre de la sesion en la que esteis en vuestro pc, en mi caso, como mi nombre de usuario es administrador, pues yo me metido en administrador.
Y ya una vez localizados los bookmarcks, solo teneis que abrir firefox, administrador de marcadores, e importar la informacion del fichero que elijais de los 4 que salen, logicamente usareis el del ultimo dia.
Saludos y espero que el sirva a alguien porque este problema no solo me sucede a mi.