buenas
creo que tienes un poquito de lió

la instalación que haces en vmware no se hace sobre los discos que tienes en el PC, se hace sobre un partición virtual.
la particion de Vmware es un archivo con extensión .vmdk que se crea donde tu quieras, la ubicación de dicha particion se elige en este paso de la creación de la máquina virtual.
es imposible formatear una particion del PC desde Vmware, puedes hacer todas las pruebas que quieras sin riesgo a perjudicar a tus discos duros.
desde Vmware solo puedes instalar en la particion virtual que has creado, si no sabes como se llama usa el comando
fdisk -l.
un saludo