el ejecutable syslinux , no pirula en 64bits , de hay que depende de si ejecutas desde tal o cual (32 / 64 ) te funcione o no te funcione.
si pongo esos ejecutables...intenta ahora desde la de 64bits ejecutar el bootinst ...veras que te pasa lo que ahora en la de 32 ...
es una complicacion , por que solo parece funcionar la cosa, si lo ejecutas desde un sistema "igual" ..
he trasteado , el bootloader de porteus ...
de tu carpeta boot de 64 bits pilla el vmlinuz ...y te lo guardas ...
borras la carpeta boot y usas esta ..y vuelves a poner el vmlinuz dentro de boot ...
veras que hay un booloader distinto ..ejecuta ese (solo desde linux) , no debe darte problema ninguno .. lo he probado a ejecutar desde 32 y desde 64 bits ...
http://www.mediafire.com/download/b5a5ob4pb6iej96/test-boot.zipaunque si fuera tu ...
1 - pilla del pendrive lo que quieres salvar y copiatelo a algun sitio
2 - formatea el pendrive
3 - pon otra vez las cosas en el pincho
4 - con lo que te he dejado , ejecuta el bootloader